エラーで停止していた時間があったので、ずっとファイルを削除していたわけではありませんが、まる一日かかって、ようやく不要ファイルが消えたので、サイバークリーンセンターから、ボット駆除ツールをダウンロードし実行したところ、ファイル数が多いので結構な時間がかかり、2個のボットが発見・駆除されたという結果でした。この後、レジストリのクリアとデフラグも実行して(一晩ほっておいたので、どれぐらい時間がかかったのかは不明)、翌朝パソコンを立ち上げてみると明らかに動作が速くなっていました。
kyu3_2 さんが使用された、EasyCleanerもダウンロードしてみました。CCleaner よりも多機能なので、これからはこちらを使おうと思います。パソコンの動作が遅くなっていると感じる方は、一度不要なファイルやレジストリの削除を実行されることをお勧めします。